對于藥品來說，從實驗室樣品到商業生產都受到嚴格的標準管控，這是為了確保產品的純度和質量。Mixcore真空均質乳化機可以按照工藝需求進行設計，以滿足不同的生產需要。例如，純化水可以通過流量計直接從罐頂注入主罐體內部，其他的原料可以通過均質器混料腔周圍的進料口加入。原料的加入可以是非無菌的，也可以是無菌的，并支持粉末加入或其他不同的接口形式。如果需要將無菌粉末加入系統，則可以將系統與配備的隔離器相對接;隔離器帶有層流系統，并且帶壓工作，同時也可配備集成式的稱重站，整個內部可以用過氧化氫進行消毒保護。以這種方式配置隔離器可為無菌加料提供充分的產品保護，同時也能對操作員進行保護，這在添加高活性成分時至關重要。

如果企業采用的工藝允許對真空乳化機設備進行在線清洗(CIP)，那么Mixcore真空均質乳化機就可以為工藝增設在線滅菌(SIP)的功能，在線滅菌既可以針對整個系統，也可以按照需求針對特定部分的組件。為此，Mixcore真空乳化機的均質器以及攪拌系統都可配置雙層機械密封，且支持對機械密封屏障液進行滅菌，并將所有管道保持在了同一梯度。即使是設計方面無法避免的末端，也符合相關的制造標準。為了滿足更小死區、更佳清洗能力和更小產品損失的要求，在整個生產系統中，Mixcore真空乳化機使用了隔膜閥和/或隔膜閥組。

為了能適應在生產不同的產品之后以不同的方式對裝置進行清潔，CIP/SIP還被分解成許多基本操作，以便為任何給定的產品配置合適的清潔程序。由于系統無菌是一個重要的標準，所以不同測量點的溫度記錄都會被集中保存(即溫度映射)，并作為驗證系統無菌的基礎。系統運行時，會監測所有關鍵點的溫度，記錄每個測量點，并在滅菌方案中顯示。直到滅菌成功完成后，該系統才能通過無菌認定并進行生產。